Да, меняется.
Синхронизация с установленным KR добавляет поле RecVersion для всех таблиц.
О поле RecVersion аксапта без KR ничего не знает, поэтому синхронизация без KR удаляет это поле.
Ищите по ключевому слову RecVersion.
А зачем добавили это поле?
Разве в KR уже есть Optimistic Concurrency?