Если перенос не сопровождается обновлением логики, то модификации структуры данных никак не влияют. Другими словами, если у вас есть в 2.5 свой модуль и вы обновляете его до 3.0 при условии сохранения структуры данных, никаких дополнительных телодвижений делать не надо (по крайней мере, связанных с изменением данных).
Tays, используйте стандартную процедуру обновления и будет вам счастье
Конечно, придется немного ее доработать, чтобы она учла и ваше большое количество модификаций.
А вообще, почитайте этот документ (если еще не читали):
http://www.microsoft.com/Rus/Downloa...apta%203.0.chm
На другие ваши вопросы могу ответить:
1 - в принципе, как хотите, но лучше, ИМХО, начать новые номерные серии.
2 - предлагаю смириться с этим фактом и не обращать на него внимания. Однако, если Вы используете виртуальные компании, тогда придется повозиться перед обновлением данных.