1. Настроить ферму терминальных серверов. Запускать отчет на специальном сервере.
2. Использовать программы понижения приоритетов процесса (Process Lasso -
http://www.bitsum.com/prolasso.php ). Платная, но с Trial периодом. Особенность программы в том, что она может менять приоритеты а автоматическом режиме на основании настроенных правил - по идее то, что вам нужно.
Бесплатные аналоги ищите сами.
P.S. не встречал отчетов в NAV жрущих 50% мощности сервера. Что это за монстр такой?