Можно и в натив. Только для всего этого нужно знать формат fob-файла. (txt гразить нельзя - они неоткомпилированы).
Единственный вариант реализации автоматического обновления - выгружать для обновления не FOB-файл, а дамп откомпилированных объектов. Соответственно загружать нужно тоже его (см COOF
Changing Objects on the Fly (COOF)