Если AX 2009 ставится на какую-то древность вроде Windows Server 2003, то стоит поискать заплатки/обновления для Windows Installer, потому что их в былые времена выходило сравнительно много.
Вот тут пишут про набор шаманских действий и чистку temp (якобы у кого-то там скопилось 65 тыщ пустых временных файлов msi*.tmp), также рекомендуют запустить проверку диска, вдруг там чего в NTFS неладно. Не знаю, как на счет w2k3, а на w7 AX 2009 ставится на ура.