Да конечно же можно...
мы что-то почти аналогичное настраивали (один физический большой оптовый торговый зал а с него торгуют несколько юр. лиц оптом и в розницу)
есть такая вещь в Аксапте - Intercompany
и еще можно сделать виртуальную компанию, где будут всем видны остатки на складах
