[BOAL]

Может через интерфейс управления метками, кто нахимичил или запускался какой батник, что трет лишнее, а новые метки туда еще не дописали.

У меня как-то пропадали метки на ах2009, но мы их вообще не трогали, это был файл залитого ХРО. И я просто переписал я его обратно, не поняв причину и не вникая. Т.к. там могло быть всякое, шла заливка переливка и установка на др сервер, в моем случае могли и приложение слоями переносить, забыв про этот файл.