Условие "" эквивалентно условию с незаданной строкой.
Чтобы задать условие "" в коде, кавычки надо экранировать бэкслешем \"\"
То, что ядро трактует "" отлично от незаданной строки - ошибка ядра, а экспорт совершенно прав
См. FAQ:
http://axapta.mazzy.ru/lib/emptyqueryrange/